Die Leitung der Kantonsschule Schaffhausen besteht aus sechs Personen:
- Barbara Sulzer-Smith (Rektorin)
- Alexandra Kramer (Leiterin Administration)
- Matthias Schoch (Leiter FMS)
- Sigrid Wanner (Prorektorin für das musisch-sprachliche Profil M)
- Thomas Looser (Prorektor für das naturwissenschaftlich-mathematische Profil N)
- Detlef Roth (Prorektor für das sprachlich-altsprachliche Profil S)