Die Leitung der Kantonsschule Schaffhausen besteht aus sechs Personen:
- (Rektorin) Barbara Sulzer-Smith
- (Leiterin Administration) Alexandra Kramer
- (Leiter FMS) Matthias Schoch
- (Prorektorin für das musisch-sprachliche Profil M) Sigrid Wanner
- (Prorektor für das naturwissenschaftlich-mathematische Profil N) Thomas Looser
- (Prorektor für das sprachlich-altsprachliche Profil S) Detlef Roth