Die Leitung der Kantonsschule Schaffhausen besteht aus sechs Personen:
- (Rektor) Pasquale Comi
- (Leiterin Administration) Linda Fehrenbacher
- (Leiter FMS) Boris Bänziger
- (Prorektor für das musisch-sprachliche Profil M) Georg Keller
- (Prorektorin für das naturwissenschaftlich-mathematische Profil N) Stephanie Tschanz
- (Prorektor für das sprachlich-altsprachliche Profil S) Detlef Roth